Die älteste Besiedelung des heutigen Gemeindegebietes liegt rund 7.500 Jahre zurück. Erstmals urkundlich bekannt war St. Margarethen im Jahr 1232 als "Mayad", 1276 wurde dasselbe Gemeindegebiet bereits "Sancta Margareta" genannt. Die Ortschaft lag in kriegerischen Zeiten zwischen 1529 und 1945 ungünstig: Als die Türken zum Sturm gegen Wien aufbrachen, überrannten sie St. Margarethen, im 16. Jahrhundert fielen immer wieder türkische, magyarische und tartarische Reiterscharen über das Dorf her. Aus dem einzigartigen Kalksandstein wurden Mitte des 19. Jahrhunderts die großen Ringstraßenbauten in Wien wie die Staatsoper, die Hofburg, das Burgtheater oder der Stephansdom erbaut. 1989 wurde St. Margarethen sogar zum "Ort der Geschichte", als mehr als 600 DDR-Bürger das Tor im "Eisernen Vorhang", der direkt an der Ortschaft entlang verlief, aufdrückten, und damit den Fall des gesamten Südostwalls einleiteten.
Die Opernfestspiele St. Margarethen konnten ihre Besucherzahlen in den vergangenen zehn Jahren stetig steigern und sind heute ein Begriff für viele Opern-Fans aus der ganzen Welt. Die Opernaufführungen im Römersteinbruch gleichen einem klassischen Breitwandfilm: monumental, mit Massenszenerien und mit Panoramablick auf das Geschehen. Die Musik, der Gesang, das Bühnenbild, die Felsen, das kulinarische Vergnügen - Oper wird zum Erlebnis für alle Sinne! 2007 wurde im Römersteinbruch von St. Margarethen die Premiere von „Nabucco“ gefeiert. An insgesamt 42 Spieltagen erwartet man an die 200.000 Besucher.
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